卵巢囊肿是否可以做试管婴儿即辅助生殖技术，要根据卵巢囊肿的大小、性质等具体情况来判断的。临床上分生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿。
1.生理性卵巢囊肿：试管婴儿手术前首先要促排卵及取卵，促排卵的药物有可能会导致卵巢发生过度刺激引起，或者卵泡成熟以后没有受精，排卵后黄体没有能够正常萎缩，需要1~3个月内才会自行消退，属于生理性卵巢囊肿，一般不影响试管婴儿。
2.病理性卵巢囊肿：即便是普通的卵巢囊肿超过5cm以上，超声提示囊实性、实性或血清肿瘤标志物异常。此种卵巢囊肿需要先手术治疗后，才能进行辅助生殖，避免促排卵过程当中卵巢囊肿破裂引起急腹症等。
辅助生殖前如发现卵巢囊肿，需由医生完善检查明确病因后，决定试管婴儿移植，或者给予针对性处理或规范治疗后移植。